e-Taxを利用することで、税務署や金融機関に出向くといった距離的な制約がなくなるほか、税務署の執務時間以外でも受付システムが稼動している時間であれば、申告書等の提出や納税ができ、金融機関等の窓口に並ぶ必要もなくなるといった時間的な制約もなくなります。
平成21年分の所得税の確定申告を本人の電子署名及び電子証明書を付して、申告期限内にe-Taxで行うと、所得税額から最高5,000円の控除ができます(平成19年分又は平成20年分の確定申告でこの控除を受けた方は、受けられません。)。
医療費の領収書や源泉徴収票等は、その記載内容(病院等の名称、支払金額等)を入力して送信することにより、提出又は提示を省略することができます(確定申告期限から3年間、税務署から書類の提出又は提示を求められることがあります。)。
e-Taxで申告された還付申告は書面申告と比べて早期処理しています(3週間程度に短縮。)。